鉴于文天祥在瑞州做的不错，六年后他终于重回临安，当了武器制造的头儿（军器监）还兼职对皇帝讲解些史书经意之类的职。可他直脾气不改，贾似道托病要回乡，皇帝苦苦挽留之际，文天祥竟然说要以国事为重，不该这么找借口伤皇帝的心，结果贾似道记恨，免去了他一切职务。文天祥被贬回乡后，在文山上建屋隐居。所以他又号“文山”，加上他姓文，有人尊称他为“文文山”，不知道内情的人还以为写错字了。（谁能不隐居？怎么面对乡里乡亲呀？一个状元，大儒，才三十四岁，正当年，谁要是问一句：您整天在这儿瞎转悠干吗？怎么回答？面子薄一点儿的人就该出家了。）
又这么浪费了三年时光，朝廷大概觉得这么闲置着个大状元引人非议，就启用文天祥做湖南提刑，掌管讼狱。文天祥上任，再一年，被任命为赣州知州。他还是宽以待民，正赶上风调雨顺，赣州丰收，一片安乐。可惜就在这一年，那个半傻皇帝死了，贾似道扶了个四岁小儿当皇帝，蒙元得了消息，应该说是喜上心间！（风雨晦暗之际，您南宋立了个四岁的孩子当皇帝，蒙元这边的皇帝是久经战事连自己的兄弟都杀了个七零八落的忽必烈大汗，此时不打南宋，不显得蒙元白痴吗？）在这个小孩子登基的两个月内蒙元就二十万人南下，分两路进攻南宋。立一个小儿为帝，多成灭亡之先兆，几百年后的清朝又重演了历史。
襄樊失守后，南宋国门大开，谢道清，理宗（平民皇帝）的皇后，下了“哀痛诏”要求大家举兵勤王。三十九岁的文天祥卖了家产，找了三万人要去抗元。朋友都劝他别这么干，简直是“以乌合之众迎敌，无异驱群羊斗猛虎”，他说：“我也知道如此。但国家养育臣民三百多年，一旦有急，征天下兵，竟无一人一骑应召，我万分悲痛。所以不自量力，以身赴难，希望天下忠义之士闻风而起，聚集众人力量，也许能保存社稷。”结果三万义兵有的在常州有的在临安外，都英勇牺牲了，文天祥被招到临安。元兵逼近了临安，一片混乱里，大臣们逃的逃降的降，文天祥被派去与伯颜谈判，伯颜想此时还有什么可谈的？称孙子也晚了，就把文天祥扣住了。谢太后没了人依靠，就投降了。（您都七十几岁了，也活得差不多了，怎么就不知道守个晚节呢？老了老了，落了个……别提了。）
文天祥虽然被扣了，可这个人死硬，就是不降。伯颜没办法，又不敢杀了他，怕影响太坏：他成了义士，更加鼓励宋人了。就把他送往北方。船到镇江时，文天祥逃跑了。他到了真州（扬州西南）受到民众热烈欢迎（好不容易见着个不降的临安大臣了），可李庭芝中了元军的反间计，以为文天祥已经投降了，就命人杀了他。结果文天祥被双方追捕，只好离开真州。正好有人说可以带他们去高邮，文天祥就决定去那里。据记载，他们一行人走到桂公塘（距扬州约十五里的小村庄）时，天已大亮。为躲避追杀，他们藏身于几道断墙后面。正要找点食物，忽然听见很多蒙古骑兵巡视而至。文天祥一行人赶紧贴墙根龟缩起来，一动也不敢动。这时，只要有一名士兵探头往里瞧一瞧，他们就会被发现，重做俘虏。而天上突然狂风大作，乌云密布，士兵们急着躲雨，匆匆而过。事后才知道，这队骑兵就是押送他们到大都的那队人，因为在镇江走脱了文天祥，加强了戒备，沿途防范甚严。
从扬州到高邮，文天祥一路颠沛流离，饥寒交迫。随从的人逃的逃、死的死，一起逃离元营的十二人只剩下六个。疲惫不堪的文天祥再也走不动了，跌倒了又爬起来，挣扎不已。幸好遇上一群樵夫，见他们是遇难的，就热情相助，拿来一个箩筐，让文天祥坐在里面，由六个人轮流抬着走。他们历尽艰险，才到达高邮。但高邮方面收到李庭芝的文书，严防文天祥攻城。文天祥不敢进城，又向泰州（今江苏泰州）前进。从泰州，又往通州（江苏南通）去，这一路有蒙元大军出没，非常危险。文天祥以孤舟一叶，昼伏夜出，多次与对手遭遇，终于到了通州。那里，他听说两王在温州，就决定投奔两王。闰三月，他终于到达了宋人控制的地区，扬帆入海，到了闽地。
历史上，张世杰忌讳文天祥的名声，怕他分兵权，加上陈宜中的排挤，文天祥只好离开福州，在南剑州（福建南平）开府，各方文武义士纷纷前来投奔，声势一时浩大。可惜南宋的臣子们勾心斗角，无法统一作战。元军进逼福州时，文天祥率军迎战，失利。福州失守后，文天祥退到广东梅州，整顿后再次出战江西，一度占领了江西大部分地区。蒙元出动了精锐骑兵，在大规模的铁骑冲击下，文天祥的军队和义兵们惨败。文天祥一家只剩老少三人。可他还是不放弃，带着剩余的残兵进入广东地区，在潮州惠州一带继续战斗，直到两年后，他在五坡岭被一支偷袭的蒙古铁骑俘获。他吞下二两脑子（即龙脑）自杀守节，但药力失效，未能殉国。
厓山战役后，灭宋的张弘范对文天祥说：“南宋灭亡，忠孝之事已尽，即使杀身
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